Úspěch v Nature: Žebříčky metod ulehčují analýzu buněk

Až na stránky tištěného vydání časopisu Nature Methods se dostal tým informatiků z Masarykovy univerzity. Svým článkem a prací, která je za ním, totiž výrazně ulehčují práci kolegům biologům. Nabízí jim jednodušší cestu, jak vybrat nejvhodnější metodu pro analýzu obrazových dat získaných světelnými mikroskopy.

Moderní přístroje přináší vědcům v laboratořích nové možnosti, ale současně také produkují obrovské množství obrazových dat, která je nutné vyhodnotit. Co šlo dřív spočítat ručně, vyžaduje dnes složité algoritmy, takže i pomoc informatiků. Ti z Centra analýzy biomedicínského obrazu Fakulty informatiky MU se popisem chování buněk, snímáním jejich pohybu a jeho změn zabývají už léta. Konkrétně na článku, který nedávno vyšel, pracovali ve spolupráci se zahraničními kolegy asi pět let.

Jejich práce nabízí srovnání různých algoritmů používaných pro různé typy úloh a buněk, což znamená velkou pomoc lidem v laboratořích. Ti se můžou do jejich online přehledu podívat na adrese www.celltrackingchallenge.net, a zjistit si tak, jaký algoritmus má cenu v jejich konkrétním případě vyzkoušet jako první.

„Zorganizovali jsme benchmarking jednotlivých postupů, jakousi soutěž existujících přístupů vytvořených různými pracovišti po celém světě,“ přiblížil Michal Kozubek, vedoucí výzkumné skupiny.

V praxi to vypadalo tak, že informatici vzali data z biologických výzkumů a existující algoritmy přímo od mezinárodních přispěvatelů. Když došlo na aplikaci různých algoritmů, hned věděli, který se osvědčuje lépe a který hůř, protože měli k dispozici správné konečné hodnoty. „Výsledkem jsou žebříčky metod, které máme zvlášť pro různé druhy vstupních dat, tedy například pro různé typy buněk,“ podotkl Kozubek.

Žebříčky teď slouží různým skupinám odborníků. Biologové v nich najdou vodítko při hledání nejvhodnějšího analytického přístupu. „Cílem ale nebylo najít jednu univerzální metodu pro všechny datové množiny, ale pro každý podproblém něco jako balíček metod, který bude pro daný typ úlohy fungovat nejlépe,“ doplnil Martin Maška, jeden z členů týmu.

Podle něj je totiž důležité myslet na to, že někdy nestačí jeden algoritmus, ale můžou se hodit jejich kombinace. Další skupinou, pro kterou jsou žebříčky cenné, jsou sami informatici. Když bude někdo vyvíjet nové přístupy, ulehčí si práci, když se podívá do už existujícího přehledu.

Práce informatiků tak má dopad na fungování vědců po celém světě. Plyne to nejen z toho, jaký časopis článek otisknul, ale kdo všechno z různých pracovišť už aktuální publikaci nebo jednu předchozí cituje. Jejich zveřejnění by měl navíc být spíš začátek. Autoři očekávají, že se teď k výsledkům jejich práce dostane větší množství lidí, kteří na ni můžou navazovat. Členové počítají i s tím, že budou do svých žebříčků nové výsledky průběžně zařazovat.

Masarykova univerzita | Masaryk university